在当今的商业环境中，股权转让已成为企业资本运作的重要手段。股权代持协议纠纷在股权转让过程中时常出现，给交易双方带来困扰。本文将围绕股权转让时如何处理股权代持协议纠纷展开讨论，旨在为读者提供有益的参考。<

一、明确股权代持协议的法律地位

股权代持协议是指股东将其名下的股权转让给他人，由他人代为持有并行使股东权利的协议。在处理股权代持协议纠纷时，首先要明确股权代持协议的法律地位，即股权代持协议是否合法有效。根据《中华人民共和国合同法》的规定，股权代持协议属于民事合同，只要符合合同生效要件，即具有法律效力。

二、核实股权代持协议的真实性

在股权转让过程中，核实股权代持协议的真实性至关重要。双方应通过查阅相关文件、询问相关人员等方式，确保股权代持协议的真实性。若发现伪造、篡改等违法行为，应依法追究相关责任。

三、明确股权代持协议的条款内容

股权代持协议的条款内容直接关系到股权转让的顺利进行。在处理纠纷时，应重点关注以下条款：

1. 股权代持期限

2. 股权代持费用

3. 股权代持期间的权利义务

4. 股权代持终止条件

5. 违约责任

四、确认股权转让双方的主体资格

在股权转让过程中，确认股权转让双方的主体资格至关重要。双方应提供有效的身份证明、营业执照等文件，确保股权转让的合法性。

五、明确股权转让的价格和支付方式

股权转让价格和支付方式是股权转让协议的核心内容。在处理纠纷时，应重点关注以下方面：

1. 股权转让价格是否公允

2. 支付方式是否合理

3. 是否存在分期付款等特殊约定

六、妥善处理股权代持期间的权益纠纷

股权代持期间，可能因代持人行使权利或义务不当，导致权益纠纷。在处理此类纠纷时，应遵循以下原则：

1. 尊重代持人的合法权益

2. 保障其他股东的利益

3. 维护公司的正常运营

七、完善股权转让的审批程序

股权转让需经过公司内部审批程序，包括董事会决议、股东大会决议等。在处理纠纷时，应确保股权转让的审批程序合法合规。

八、关注股权转让的税务问题

股权转让涉及税务问题，如个人所得税、企业所得税等。在处理纠纷时，应关注税务问题，确保股权转让的税务合规。

九、妥善处理股权转让的登记手续

股权转让需办理工商登记手续，包括变更登记、注销登记等。在处理纠纷时，应确保股权转让的登记手续合法合规。

十、加强股权转让的法律风险防范

股权转让过程中存在诸多法律风险，如合同风险、股权风险等。在处理纠纷时，应加强法律风险防范，确保股权转让的顺利进行。

股权转让时股权代持协议纠纷的处理是一个复杂的过程，涉及多个方面。本文从明确股权代持协议的法律地位、核实协议真实性、明确条款内容、确认主体资格、明确价格和支付方式、妥善处理权益纠纷、完善审批程序、关注税务问题、妥善处理登记手续、加强法律风险防范等方面进行了详细阐述。希望对读者在处理股权转让时股权代持协议纠纷有所帮助。

上海加喜财税公司（公司转让平台：http://www.3300wan.com）作为专业的公司转让服务平台，始终关注股权转让过程中的法律风险和纠纷处理。我们建议，在股权转让过程中，双方应充分了解相关法律法规，确保股权转让的合法合规。寻求专业法律人士的帮助，以降低纠纷发生的风险。上海加喜财税公司将继续致力于为用户提供优质、高效的服务，助力企业实现资本运作目标。